1989

Det ble påvist kaldtvannsvibrose, også kalt Hitrasjuke, i selskapets anlegg. Også disse utfordringene ble bekjempet ved en kombinasjon av høyere standard på smittehygiene, lokalitetsbruk og drift, samt bruk av vaksine.

Som ikke furunkulosen og kaldtvannsvibrose skulle gi utfordringer nok; ble lakselus, Lepeophtheirus salmonis, et betydelig problem for næringen. Spesielt i 1991/1992 skapte den ekstreme problemer for lakseoppdretterne i Flatanger og regionen for øvrig. Alle selskapene var svekket av sykdomsproblemene på 1980-tallet, og for mange medførte luseangrepene den definitive avslutning av havbrukseventyret. 
Bjørya Fiskeoppdrett AS kjøpte nå sin 2. konsesjon fra et konkursbo.

Luseangrepene medførte at utvikling av effektive avlusningsmetoder ble en absolutt forutsetning for overlevelse. Det ble gjennomført et enormt utviklingsarbeid i bedriftene og veiledningsapparatet. Dette utviklingsarbeidet ga resultater i form av nye bekjempelsesformer med en helt annen effekt enn tidligere metoder. Krisen ble i første omgang avsluttet ved utvikling av en bademetode med bruk av hydrogenperoksyd, og det ble deretter utviklet metoder som bruk av rense-/leppefisk, og taktisk lus bekjempelse basert på overvåkning av lus-status i anleggene og regionalt samarbeid. I etterkant har leverandører og forskningsmiljø fortsatt dette utviklingsarbeidet og utviklet stadig nye metoder for bekjempelse av lakselus. De grunnleggende forutsetningene for denne utviklingen ble skapt av Bjørøya Fiskeoppdrett AS, oppdrettskonsulent Per Andersen samt andre fiskeoppdrettere og offentlige veiledere i regionen på begynnelsen av 1990 tallet.